انتمى حواتمه إلى حركة القوميين العرب التي نشأت كرد فعل مباشر على هزيمة العرب ونكبة فلسطين، وكان لا يتجاوز الستة عشر من عمره، وتحمّل المسؤولية في قيادة حركة القوميين العرب في الأردن والضفة الغربية بعد الإنقلاب على حكومة سليمان النابلسي الوطنية في الأردن في نيسان 1957.
في شباط 1958 كان هناك ضرورة للإختفاء وللحياة التنظيمية السرية بعدما تعرضت الحركة للملاحقة في الأردن، وتم الإختفاء الكامل لفترة ليست قصيرة, وهنا صدر حكم الإعدام الأول على نايف حواتمة في الأردن وتم اعتقال عدد من أشقائه لفترات طويلة.
بفعل التداعيات المتلاحقة دخل حواتمة سراً إلى دمشق ومنها إلى طرابلس / شمال لبنان على رأس قافلة مسلحة مشياً على الأقدام من حمص السورية، حيث ساهم في ثورة 1958 على رأس كوادر وأعضاء حركة القوميين العرب ضد مشاريع كميل شمعون
و أيزنهاور لجلب القوات الأمريكية إلى لبنان, وشكل جبهة قتال مشتركة مع الرئيس رشيد كرامي وحزبه حركة التحرير العربية ومع أحزاب البعث في شمال لبنان ولاحقاً انتقل إلى بغداد (بعد ثورة 14 تموز / يونيو 58 وبعد رحيل شمعون والمصالحة بين اطراف الصراع المسلح في لبنان) في إطار الحركة القومية وتحمّل هناك المسؤولية الكاملة عن أوضاع حركة القوميين العرب في العراق، وهناك تم الإعتقال الأول لحواتمه " 14 شهراً " في الصراع ضد دكتاتورية عبد الكريم قاسم.
تجاور في سجنه مع عدد من الشخصيات التي لعبت دوراً لاحقا في حياة العراق مثل عبد السلام عارف، أحمد حسن البكر، صالح مهدي عماش، علي صالح السعدي، عبد الكريم فرحان، صبحي عبد الحميد، عبد العزيز العقيلي، عبد الهادي الراوي، طاهر يحيى والعديد من أبرز القيادات العسكرية والسياسية التي لعبت أدوارا هامة في حياة العراق منذ ثورة تموز 1958، إلى أن خرج من سجون دكتاتورية عبد الكريم قاسم ومعه الأسماء السابقة يوم 8 / 2 / 1963 بعد انقلاب البعث الأول المتحالف مع عبد السلام عارف. وأصدر صحيفة " الوحدة " التي عاشت نحو (27) يوما ثم أغلقت على يد نظام البعث في العراق، ثم اعتقل ثانية في عهد ائتلاف عارف مع البعث بسبب ما كان يصدر عن الصحيفة وعن حركة القوميين العرب في العراق, والتي كان حواتمه قائدها. ومن ثم أبعد إلى مصر ومنها إلى لبنان, حيث صدرحكم إعدام آخر بحقه بعد إبعاده من العراق بفترة غير قصيرة [ راجع كتاب العميد الركن عبد الكريم فرحان " حصاد ثورة " تجربة العراق 58 – 64 عضو لجنة قيادة ضباط ثورة 14 تموز 58 وزير الثقافة والإرشاد, وكتاب هاني الفكيكي عضو قيادة بعث العراق " أوكار الهزيمة -- تجربتي في حزب البعث ". وكتاب محمد جمال باروت " حركة القوميين العرب -- النشأة / التطور، المصير " -- المركز العربي للدراسات الاستراتيجية / دمشق .
تقارير ـ مقالات